Fue en la temporada 43/44 cuando debutó el C. D. Eldense en esta nueva categoría, haciéndolo con un apretado triunfo ante el Alicante, venal que venció por 2-1. Las siguientes temporadas las jugó el equipo azulgrana en esta división, y si bien no consiguió el ansiado ascenso a Segunda, si quedó siempre bien clasificado. Durante la campaña 47/48, el cuadro eldense marchó en una envidiable posición enfilado como cohete hacia el anhelado ascenso. Aquella temporada, dirigía el equipo un magnífico entrenador bien conocido, D. Andrés Balsa. También la junta directiva era fantástica, ya que en ella se aglutinaban nombres ilustres y populares de la sociedad eldense. D. José Maria Pérez Gras (presidente), D. José Cano (vicepresidente), D. Eduardo Pérez Gras (tesorero), D. Luis Cremades Viñedo (secretario técnico y luego presidente), D. Vicente Mateus Luengo y D. José Martínez González (presidentes honoríficos),  y los siguientes vocales: D. Santiago Piqueras, D. José Grau, D. Elías Vera, D. Segismundo Falcó, D. Pedro Hernández, D. José Navarro, D. José González, D. Francisco Payá, D. Francisco Gómez y D. José Marcos Hernández.